丙肝是典型的RNA病毒（ribovirus），復制過程不產生DNA。RNA在細胞內壽命很短，很快會被降解掉。所以丙肝病毒要在體內維持存在需要不停的復制。所以只要抑制了丙肝病毒的復制就可以達到治愈丙肝的目的。

乙肝病毒是DNA病毒，可以在細胞核中以cccDNA的形式穩定存在。這樣乙肝病毒就算復制被抑制了，只要cccDNA還存在，病毒就無法被消滅。然而抗病毒藥只能抑制病毒復制，不能破壞病毒的核酸。所以慢性乙肝無法用抗病毒藥治愈。

乙肝病毒有疫苗是因為乙肝病毒的抗原性很穩定，很少會發生變異。而丙肝病毒的突變能力極強，堪比艾滋病病毒。丙肝病毒光是基因型就有7個大類，不同基因型之間的核酸的差異可以達到30%！而且即便是丙肝被治好了仍然會被再次感染。所以丙肝疫苗的研制極為困難。

同樣由于丙肝病毒的變異能力極強，丙肝也有更高的慢性化率。95%的成年人感染乙肝可以自行清除病毒，不會發展成為慢性肝炎，然而只有25%的成年人可以自行清除丙肝。